I frati minori dell'ordine francescano giunsero a Faenza intorno al 1230, poco dopo i Domenicani e nel 1271 eressero la loro chiesa, in stile gotico, di cui restano pochi avanzi sul fianco esterno destro (un bel portale, tracce di archi e qualche altro elemento murario), oltre a residui di affreschi in sacrestia. Nel 1740 la chiesa gotica venne demolita ed iniziò uno dei grandi cantieri della Faenza settecentesca, terminato nel 1751, diretto dai capomastri faentini Raffaele Campidori e G.Battista Boschi e dall'architetto imolese Cosimo Mattoni. Particolarmente sontuosa è la facciata che richiama modelli borrominiani (si guardino gli obelischi laterali della parte alta, chiaramente mutuati dall'altar maggiore di S.Maria Nuova). A destra spicca invece la mole della cappella della Beata Vergine della Concezione, sorta di "appendice laterale" alla chiesa ma costituente con lei (e con il rinascimentale ex oratorio della Croce, ancor più a destra) un insieme architettonico di riuscitissima unitarietà. Il Santuario della Concezione è di poco precedente alla ricostruzione della chiesa, risalendo al 1714 (autore fu Scaletta, faentino, probabilmente su disegni del bolognese Alfonso Torregiani).
All'interno spiccano parecchie opere d'arte: un crocefisso ligneo cinquecentesco di ignoto autore forse emiliano (prima cappella a sinistra), la pala con S.Antonio che resuscita un morto, di G.Del Buono (terza a sinistra), il coro ligneo intarsiato settecentesco e i vari arredi e particolari architettonici in marmo.